Von 1909 bis 1938 fuhren die Züge der königlich Bayerischen Staatsbahnen, der „Grünen Elektrischen“, und die SETG-Züge der Salzburger Eisenbahn- und Tramway-Gesellschaft der „Roten Elektrischen“ von Salzburg durch die Stadt über Anif, Grödig und Berchtesgaden bis zum Königssee. Diese, besonders für den Tourismus, so wichtige Verbindung wurde 1938, wegen der Zufahrt zu Hitlers Obersalzberg, zerstört. Diese Verbindung fehlt heute noch sehr. Da damals allerdings die Hitler’sche „Deutsche Alpenstraße“ von der heutigen Akademiestraße weg über Grödig, und Berchtesgaden nach Schneizlreuth und Inzell überdimensioniert als Betonplatten-Straße ausgebaut wurde, besteht zwischen Grödig bzw. St.Leonhard und Berchtesgaden die Möglichkeit, eine eingleisige Bahntrasse auf der Straße dazu zu legen.

Die Regionalstadtbahn fährt in Anif, nach der Abzweigung nach Hallein in der Station „Anif-Schloßwirt“, auf der Alpenstraße weiter bis zum Tennispoint. Dort folgt die neue Bahn der alten Lokalbahntrasse bis zur „Untersberg-Arena“, einem großen Fußballplatz. Da die alte, noch bestehende Autobahnunterführung auf Grödiger Seite mit Häusern völlig verbaut wurde, folgt die Neubaustrecke, mit einer Bahnstation, kurz der Autobahn, um dann etwas nördlicher diese Richtung Grödig zu unterqueren. In diesem Bereich wird ein Gleichstromunterwerk errichtet, das die Bahn mit Strom versorgt. 1908 wurde das Kraftwerk „Eichetmühle“ für die Stromversorgung der SETG, der Salzburger Lokalbahn, adaptiert und besteht so heute noch. Dieses „älteste Laufkraftwerk Salzburgs“ ist von der neuen Autobahnunterführung circa 1 Kilometer entfernt und kann über das neue Unterwerk wieder angeschlossen werden. In Grödig durchfährt die Regionalstadtbahn den Ort zwischen der Kreuzung Marktstraße/Oberfeldstraße und dem Feuerwehrhaus beim Gemeindeamt auf der Straße, ebenfalls entlang des Almkanales bis zur Untersbergbahn in St. Leonhard. Dort entsteht, auf der derzeitigen Bushaltestelle die Bahnstation „St.Leonhard-Untersbergbahn“.

Dann folgt die Regionalstadtbahn dem bayerischen Teil der Alpenstraße über Marktschellenberg, dort mit der engsten Stelle der Straßenbreite von 11 Metern, bis zum Hofbräuhaus in Berchtesgaden. Ab dort gibt es eine alte Bahntrasse, die mit dem Tunnel beim Berchtesgadener Bahnhof ein Torso von Hitlers hypertropher „Fernbahn“ geblieben ist. Diese hätte bis Elsbethen zweigleisig gebaut werden sollen und das erklärt das riesige Tunnelprofil. Ein neu zu bauender Panoramalift vom Café Grassl bringt die Fahrgäste direkt vom Berchtesgadener Ortszentrum zum Bahnhof.

Über den Kreisverkehr vor dem Berchtesgadener Bahnhof folgt die Regionalstadtbahn-Trasse der alten Königsseebahn-Trasse bis zur Schwöbbrücke, um von dort Richtung Ortschaft „Königssee“ und zur „Jennerbahn“ zu gelangen. Von dort geht es Richtung altem „Königsseebahnhof“, der heute die Nationalpark-verwaltung und eine beliebte Gastwirtschaft beherbergt. Vom Königsseebahnhof zum Königssee ist heute eine Fußgängerzone und diese kann nur per Pedes, entlang der vielen Souveniergeschäfte, erwandert werden.

Der Königsseebahnhof wird der Ausgangspunkt der blauen „S5 Neue Ischlerbahn“, der „Alpine-Lakes-Ex-press-Line“ über Salzburg – Mondsee – St.Wolfgang bis Bad Ischl. Mehr dazu auf der Seite „S5 Neue Ischlerbahn“.